Het Vlaams beleid internationale samenwerking wordt vorm gegeven door het Departement internationaal Vlaanderen, dat in staat voor de beleidsbepaling. De uitvoering van dit beleid is toevertrouwd aan het Vlaams Agentschap voor Internationale Samenwerking (VAIS). Een beheersovereenkomst bepaalt de opdrachten van het VAIS. Het VAIS ondersteunt het internationale samenwerkingsbeleid van de Vlaamse Regering op vijf domeinen: 1) bilaterale samenwerking, 2) ondersteuning van acties en activiteiten van indirecte actoren, 3) samenwerkingsacties via multilaterale organisaties, 4) draagvlakverbreding en bewustmaking en 5) noodhulp en humanitaire bijstand. De inzet van de middelen gebeurd zo geconcentreerd mogelijk in de drie partnerlanden; Zuid-Afrika, Mozambique en Malawi, waar VAIS telkens een eigen vertegenwoordiger heeft ter plaatse, die instaat voor de opvolging van de projecten en het begeleiden van de uitvoering.